Il est à présumer que Malleray existait déjà au 9ème siècle,  mais le nom de notre village surgit pour la première fois en 1148 dans  une citation du pape Eugène III confirmant à l’Eglise collégiale de Moutier Grand Val l’affection de la dîme de Malleray : "De curti Malereie decimas  integraliter". L'orthographe de Malleray semble avoir son origine dans  un terme alémanique : Die Mahlerei – Le moulin. L'histoire nous dit :  "Les Blanchard tenaient de père en fils le moulin de Malleray à titre de fief de l'Evêché de Bâle".

Au 14ème siècle, on cite "Renaud de Malleray", noble au service du prince-évêque de Bâle.  C'est de son sceau que sont tirées nos armoiries : d'azur, à un coq d'or, crêté et barbé de gueules sur un mont à trois copeaux d'argent et une étoile d'argent à sénestre. En 1486, nos gens saluent avec soulagement et reconnaissance la signature des traités de combourgeoisie avec la république de Berne. Et l'historien d'écrire : "Ces traités, bien qu'imposés de prime abord, n'en devinrent pas moins la plus précieuse sauvegarde de la Prévôté pendant plus de trois siècles (1486 – 1797)".

C'est au début du 16ème siècle que l'on trouve des actes dans lesquels des bourgeois de Malleray sont cités : Les Faigaux, les Bueche, les Blanchard, les Miche, les Jabas, les Garraux. Ces familles forment encore la commune bourgeoise actuelle.

 1797 voit notre région envahie par les troupes françaises. L'occupation de notre vallée se passa calmement, sous les ordres du général de St-Cyr, qui établit ses quartiers à Malleray chez le cabaretier Jean-Henri Bueche. Heurs et malheurs se succèdent pendant plus de 15 ans. De braves occupants relayent des pillards ou des débauchés. On paie un lourd tribut aux troupes de passage.

Dès avril 1814, les notables de la Prévôté entreprennent de pressantes démarches auprès de la république de Berne, priant LL.EE. de s'intéresser au sort futur d'un petit peuple resté combourgeois. Les troupes suisses entrèrent à Malleray le 19 mai 1814, jour de l'Ascension. Et l'historien d'ajouter : "Leur venue mit fin au plus horrible cauchemar qui étreignait nos populations malheureuses". Après de nouvelles péripéties, le 21 décembre 1815 nous consacra définitivement Bernois. Ainsi se termine une période fertile en événements mais qui, du moins, assura une paix solide et durable. Malleray comptait alors 264 âmes. 

1832 marque l'introduction de l'industrie en nos murs, où deux mécaniciens s'installent dans une forge pour fabriquer des pompes à feu. Le 28 octobre 1833, deux paysans conduisent à Genève 60 pompes de cette fabrique. En 1834, ouverture d'une scierie par les frères Blanchard. En 1835, construction de la maison d'école. 1837 voit la naissance d'une société de chant. On compte alors 333 habitants. Le moulin dont nous parlons plus haut a toujours été exploité par les Blanchard, dits Gourbachons. Au début du 20ème siècle, il a été transformé en atelier d'horlogerie. C'est l'ancienne fabrique Fritschi frères. La fabrique de pompes fait de mauvaises affaires et est remplacée en 1864 par une fabrique d'horlogerie. 1858 : naissance de notre toujours alerte fanfare, dont l'histoire mériterait de nombreuses pages. En 1864, construction d'une "Société d'horlogerie", qui occupera jusqu'à 300 personnes, mais périclitera par la suite.

Fête au village le 28 novembre 1876 : le premier train passe dans nos murs. C'est un enthousiasme indescriptible. Le 10 juin 1893, les électeurs votent un crédit de Fr. 50'000.— pour l'installation d'un réseau d'hydrantes. En 1899, Malleray compte 1274 habitants.

La deuxième moitié du 19ème siècle a laissé les traces d'une évolution profonde dans les mœurs de notre vallée. L'introduction de l'industrie horlogère, l'extension du commerce intensifié par la création de la voie ferrée ont bouleversé les vieilles traditions. Les anciennes coutumes firent place aux nouvelles conceptions. Malleray fut une des premières localités jurassiennes à s'intéresser à la lumière électrique. Après des résultats concluants, le projet présenté par l'usine de Hagneck fut accepté le 25 août 1900. En 1904, on décide la construction du nouveau collège, qui dresse encore aujourd'hui sa fière silhouette au centre du village. Et l'industrie de se développer – avec ses hauts et ses bas – au travers de deux guerres mondiales. Sans voir une explosion démographique importante, Malleray se développe régulièrement, pour offrir à la génération actuelle le village que nous aimons, et que nous souhaitons calme et prospère. Quelques vers tirés des poèmes de F. Jabas :

Là, dans les verts replis de ses amples campagnes, se tient modestement notre cher Malleray. Il a pu s'agrandir sur les terrains qu'il gagne. Son visage pour nous ne s'est point altéré. Il conserve toujours son même bon sourire. Avec la paix sereine où son rêve s'est plu. Et dans sa voix fuyante aux tendresses de lyre. Nous écoutons parler les temps qui ne sont plus. La vie en tout milieu prit de l'exubérance. Peu à peu l'industrie arma les travailleurs qui surent, confiants et remplis d'espérance, jalonner le chemin d'un avenir meilleur. Les enfants ont suivi les traces de leurs pères. Avec l'aide de Dieu et leur espoir en Lui. Le labeur et la foi lentement ont pu faire Du Malleray d'antan ce qu'il est aujourd'hui.

Le livre de feu M. Charles FREY, retraçant l'histoire de Malleray du 9ème siècle à 1914 a été réédité en 1995 par la Société d'embellissement de Malleray et est disponible à l'administration municipale pour le prix de fr. 24.00.

Voici quelques anciennes photos du village (cliquez dessus pour les voir entièrement) 

Une ancienne carte postale illustrant le carrefour de la Rue du Pont-La Lignière-Re du Lion d'Or-La Ruai	L'ancienne poste de Malleray an	Vue de Malleray depuis le nord du village
Vue de Malleray de 1904	Vue de Malleray après la construction du collège	Article du Courrier de la Vallée de Tavannes du 5 avril 1932 sur l'ancien collège
Vue de Malleray de 1950		Les skieurs de Bâle envahissent Malleray pour se rendre à Moron (1935)